Istnieje kilka różnych plam, które można wykorzystać do wizualizacji i sfotografowania DNA po rozdzieleniu materiału za pomocą elektroforezy żelowej. Wśród wielu wyborów, te pięć szczepów jest najczęstszym początkiem z bromkiem etydyny, który jest najczęściej stosowany. Podczas pracy z tym procesem ważne jest nie tylko poznanie różnic między szczepami, ale także związanych z nimi zagrożeń dla zdrowia.
01 Bromek etydyny
Bromek etydyny jest prawdopodobnie najbardziej znanym barwnikiem stosowanym do wizualizacji DNA. Ten barwnik można stosować w mieszaninie żelu, w buforze do elektroforezy lub w celu barwienia żelu po jego uruchomieniu. Cząsteczki barwnika przylegają do nici DNA i fluoryzują w świetle UV, pokazując dokładnie, gdzie pasma znajdują się w żelu. Pomimo swojej przewagi, wadą jest to, że bromek etydyny jest potencjalnym czynnikiem rakotwórczym, dlatego należy obchodzić się z nim bardzo ostrożnie. Ze względu na potencjalne zagrożenia dla zdrowia związane z pracą z tym żelem, znaleziono alternatywy. 02 SYBR Gold
Barwnik SYBR Gold może być stosowany do barwienia podwójnie lub jednoniciowego DNA lub do barwienia RNA. SYBR Gold był jedną z pierwszych alternatyw dla bromku etydyny, która trafiła na rynek i jest uważana za bardziej wrażliwą niż bromek etydyny. Barwnik wykazuje 1000-krotnie większą fluorescencję UV po związaniu z kwasami nukleinowymi. Następnie przenika do grubych i wysokoprocentowych żeli agarozowych i może być stosowany w żelach formaldehydowych. Ponieważ fluorescencja niezwiązanej cząsteczki jest tak niska, odbarwianie nie jest wymagane. Posiadacz licencji Molecular Probes również (od czasu uruchomienia SYBR Gold) opracował i sprzedawał SYBR Safe i SYBR Green, które są bezpieczniejszą alternatywą dla bromku etydyny.
03 SYBR Green
Barwniki SYBR Green I i II (ponownie wprowadzone na rynek przez Molecular Probes) są zoptymalizowane do różnych celów. Ponieważ wiążą się one z DNA, nadal są uważane za potencjalne mutageny iz tego powodu powinny być traktowane ostrożnie. SYBR Green I jest bardziej czuły w użyciu z dwuniciowym DNA, natomiast SYBR Green II jest najlepszy do stosowania z jednoniciowym DNA lub RNA. Podobnie jak popularne wybarwienie bromkiem etydium, te bardzo wrażliwe plamy fluoryzują w świetle UV. 04 SYBR Safe
SYBR Safe został zaprojektowany jako bezpieczniejsza alternatywa dla bromków etydyny i innych bejm SYBR. Nie jest on uważany za odpad niebezpieczny i może być zwykle usuwany za pośrednictwem zwykłych systemów kanalizacyjnych (tj. Do kanalizacji), ponieważ badania toksyczności wskazują, że nie ma ostrej toksyczności. Badanie wskazuje również na niewielki lub żaden genotoksyczność na komórkach Syrian Hamster Embryo (SHE), ludzkich limfocytach, mysich komórkach chłoniaka iw teście AMES. Barwnik można stosować z transiluminatorem z niebieskim światłem, który powoduje mniejsze uszkodzenie wizualizowanego DNA i oferuje lepszą skuteczność do późniejszego klonowania. 05 Eva Green
Eva Green to zielony barwnik fluorescencyjny, który, jak stwierdzono, hamuje PCR w mniejszym stopniu niż inne barwniki. Dzięki temu jest bardzo przydatny w zastosowaniach takich jak ilościowy PCR w czasie rzeczywistym. Jest to również dobry wybór, jeśli używasz żeli o niskiej temperaturze topnienia do odzyskiwania DNA. Jest bardzo stabilny w wysokich temperaturach i sam ma bardzo niską fluorescencję, ale jest wysoce fluorescencyjny po związaniu z DNA. Wykazano również, że Eva Green ma bardzo małą lub żadną cytotoksyczność lub mutagenność.